背景 ある分子のコンフォマー分布を調べたくなった。しかしMDをやるほど厳密性が要求されているわけでもないし, まずLAMMPS, AMBER, GROMACSといった分子動力学計算ソフトをわざわざこのためにセットアップする気力がない。 -> RDkitでコンフォマー作成すれ…
背景 前回の記事でホモロジーモデリングの全体の流れを実施した。この記事ではより詳細なModellerのオプションを調べてみる。 参考：https://salilab.org/modeller/tutorial/advanced.html オプション automodelの精度は？ sequence identiy <50%の場合はali…
前提 HHblitsとHHsearchにより類似構造の配列は既に入手済み。ここからスタートする まずModellerのチュートリアルを実施 1. Searching for structures related to the query ここは前述のHHsearchによりテンプレート構造が既知なので省略。 2. Selecting a …
以前UniprotからFastaを取ってくる方法の記事を書いた。UniprotではURLを適宜いじることでFastaを直接ダウンロードできたが, NCBIで同様の方法は使えない（ようだ）。 具体的にはBiopythonのEntrezを使う。詳細は以下参照。 https://www.biostars.org/p/1771…
やりたいこと Uniprotから任意のアミノ酸配列をFASTA形式でPythonなどのプログラミング言語を使うことにより自動取得したい。 参考 以下のサイトでまずUniprotとは何かを理解した。アミノ酸配列とその機能情報を掲載しているらしい。 magattaca.hatenablog.c…
目的 仕事でホモロジーモデリングをする必要が出てきた。それにはhhsuiteなるものが必要らしい。よくわからないので入力／出力および特性を理解する。アルゴの詳細には深入りしない。 同じようなソフトウェアは他にも有るはずなので, それらのソフトウェアと…
Ubuntuくんが激重なのでLinux mint (Cinnamon)に乗り換えたのメモ。完全自分用 とりあえず結論 めっちゃ快適なのでさっさとやればよかった とりあえずアップデート インストール後表示されるFirst Stepsに従ってドライバをインストールしたりアップデートし…
タンパク質のアラインメント計算ソフトウェアのLGAでコンパイルはできるのだが, Segmentation faultで実行できない問題の対応法。 LGA - Protein Structure Comparison Facility ［解決策］ulimit -s unlimitedする どうもコアダンプの容量が制限されている…
気付き次第, 順次追加予定。。。 DSSコマンド 水素結合および主鎖の構造を用いて二次構造情報を自動的に追加する。これにより二次構造情報に基づいた色分けなどが可能になる。 https://pymolwiki.org/index.php/Dss デフォルトの設定を変更する（背景など） …
目的 分子シミュレーションでよく使われるPossion-Boltzmann方程式を導出する。間違ってたら教えて下さい。 出発 まずPossion equationから出発する :点rにおける誘電率; :点rにおける静電ポテンシャル; :点rにおける電荷密度 この式はある点における電荷分…
やりたいこと a = [] for i in range(0,n): a.append("hogehoge") みたいなことをpandasでやりたい 解決策 一旦python標準配列で作ってからpd.DataFrameに変換する方法が早いらしい qiita.com
参考： magattaca.hatenablog.com www.molsis.co.jp 要は SMILES 分子の二次元構造を文字列で記述 ワイルドカード表記はできない（多分…？） 一つの化合物構造に対して複数のsmilesがありえる（一対一対応するものはcanonical SMILESと呼ばれる） SMARTS SMI…
Mac OSX MojaveでSshfsでマウントしたフォルダがパーミッションエラーで開けない You do not have the permissions necessary to view the contents of mounted directory. というメッセージによりsshfsが開けなくなったのでその対処法 対策 -o defer_permis…
pipでインストール qiita.com 拡張機能を入れる www.pynote.inf とりあえず上のサイトから適当につっこむ。vimmerなので"jupyter-vim-binding"は必須。 リモートのスクリプトをいじる sshfsでマウントしていじる方法。この場合, スクリプトはローカルで実行…
まず仮設をたてる 参考： best-biostatistics.com 帰無仮説(Null hypothesis)：差がない 対立仮説(Alternative hypothesis)：差がある 帰無仮説の否定：差がないわけではない⇒差がある t検定する 帰無仮説を立てる（差がないのではという仮設） p値を算出し…
目的 同僚がJupyter Notebookを使っていたのだが何が便利なのかわからないので全体像を掴む 参考： ここを参考にしました blog.tsurubee.tech 要は Pythonスクリプト内部にLatexやmatplotlibを用いた色々な形式でメモができたり それをチームとシェアできた…
目的 自分用によく使うコマンドを整理しておく ファイルのリストを得る cmd.get_names() ファイルの名前を書きかえる cmd.set_name("fileA", "fileB")) [応用]"filename A"を含むファイル名のみ抽出し, 一部を書き換える for a in [file for file in cmd.get…
ここを参考にしました qiita.com なぜ便利か？ 時間発展の運動方程式が解けるnstepにおける任意のベクトルに時間発展行列をかけてやることでn+1stepの結果が得られる特にベクトルを時間発展行列の固有ベクトルの線形結合で示してやることにより, 時間発展行…
背景 応用数学分野において行列計算のために線形代数の知識は必須。しかし著者は大学の基礎教養でやって以来ご無沙汰なので基礎計算はできるものの概念は未だによくわかっていない。 目的 線形代数の大枠の理解（どのように便利なのか） 線形空間・固有値分…
目的 アウトプットすることで理解を深める アウトプットすることで間違いを（望ましくはやさしく）正してもらう 基本的にゴミの山と思っているが, アウトプットしておくことで皆様に有用なものを適宜見つけて貰えるかもしれない お題目（頻度順…のはず） 応…
