Uniprotから任意のFASTAをとってくる
やりたいこと
Uniprotから任意のアミノ酸配列をFASTA形式でPythonなどのプログラミング言語を使うことにより自動取得したい。
参考
以下のサイトでまずUniprotとは何かを理解した。アミノ酸配列とその機能情報を掲載しているらしい。
やりかた
任意のデータにはアドレスを改変することによりアクセスできる。詳細はUniprotを参照。
Programmatic access - Retrieving entries via queries
今回は
- マウス（分類番号10090）の
- reviewedの状態にある（Uniprotではcuratorが結果をチェックしたものをreviewedと呼ぶらしい）
- hsp90ab1という名前の遺伝子に
- fasta形式で
アクセスしたい。この場合の書式は以下のようになる。
前述のUniprotでは遺伝子名を指定する際に"genes:"を使えと言っているが, "gene:"を使わないと参照できなかった。
