Pymol 見た目を調整する
気付き次第, 順次追加予定。。。
DSSコマンド
水素結合および主鎖の構造を用いて二次構造情報を自動的に追加する。これにより二次構造情報に基づいた色分けなどが可能になる。
https://pymolwiki.org/index.php/Dss
デフォルトの設定を変更する(背景など)
pymolrcに常時設定したいコマンドを書き込む。起動時に自動的に読み込まれる。以下は私のpymolrcの設定。
https://pymolwiki.org/index.php/Pymolrc
bg_color white hide ribbon,all show cartoon,all show cell
ボックスを表示
周期的境界条件の設定がなければ表示できない(当たり前だが)
show cell
自動で"いい感じ"の見た目にする
presetを使う。publishがすき
https://pymolwiki.org/index.php/Preset
高Qualityなきれいなイメージを出力する
以下に従って操作する。かんたん。
https://pymolwiki.org/index.php/Publication_Quality_Images