ゴミのやま

完全自分向け雑記

Pymol 見た目を調整する

気付き次第, 順次追加予定。。。

DSSコマンド

水素結合および主鎖の構造を用いて二次構造情報を自動的に追加する。これにより二次構造情報に基づいた色分けなどが可能になる。

https://pymolwiki.org/index.php/Dss

 

デフォルトの設定を変更する(背景など)

pymolrcに常時設定したいコマンドを書き込む。起動時に自動的に読み込まれる。以下は私のpymolrcの設定。

https://pymolwiki.org/index.php/Pymolrc

bg_color white
hide ribbon,all
show cartoon,all
show cell

ボックスを表示

周期的境界条件の設定がなければ表示できない(当たり前だが)

show cell

自動で"いい感じ"の見た目にする

presetを使う。publishがすき

https://pymolwiki.org/index.php/Preset

 

高Qualityなきれいなイメージを出力する

以下に従って操作する。かんたん。

https://pymolwiki.org/index.php/Publication_Quality_Images