Modellerでループ構造最適化, 束縛条件追加などを行う

背景

前回の記事でホモロジーモデリングの全体の流れを実施した。この記事ではより詳細なModellerのオプションを調べてみる。

参考：https://salilab.org/modeller/tutorial/advanced.html

オプション

automodelの精度は？

sequence identiy <50%の場合はalignment.check()で残基ごとの妥当性のチェックをしたほうがよいとのこと(DOPEが具体的に何を計算しているかは知らない）。

面白そうな機能

複数のテンプレートを使用

複数のテンプレートを使うことでループ領域の精度（DOPEスコア）が改善されたり、場合によっては改悪されてしまったりするらしい。長いループ構造を再現する際に使ってみようかと思う。

ループ構造最適化

ホモロジーモデリングで得た構造を元にループ構造の最適化を行う。もっとも精度が出る方法は数百個のconformersを作成してクラスタリングし, 代表的なものをピックアップすることらしい。

リガンドを結合させた上でホモロジーモデリング

リガンドを含む構造をホモロジーモデリングで生成できるらしい。DOCKやAuto Dock等のドッキングソフトを使えばいいんじゃないの、と思う気もするがなにか利点があるのだろう。