背景 ある分子のコンフォマー分布を調べたくなった。しかしMDをやるほど厳密性が要求されているわけでもないし, まずLAMMPS, AMBER, GROMACSといった分子動力学計算ソフトをわざわざこのためにセットアップする気力がない。 -> RDkitでコンフォマー作成すれ…

背景 前回の記事でホモロジーモデリングの全体の流れを実施した。この記事ではより詳細なModellerのオプションを調べてみる。 参考：https://salilab.org/modeller/tutorial/advanced.html オプション automodelの精度は？ sequence identiy <50%の場合はali…

前提 HHblitsとHHsearchにより類似構造の配列は既に入手済み。ここからスタートする まずModellerのチュートリアルを実施 1. Searching for structures related to the query ここは前述のHHsearchによりテンプレート構造が既知なので省略。 2. Selecting a …