背景 ある分子のコンフォマー分布を調べたくなった。しかしMDをやるほど厳密性が要求されているわけでもないし, まずLAMMPS, AMBER, GROMACSといった分子動力学計算ソフトをわざわざこのためにセットアップする気力がない。 -> RDkitでコンフォマー作成すれ…

背景 前回の記事でホモロジーモデリングの全体の流れを実施した。この記事ではより詳細なModellerのオプションを調べてみる。 参考：https://salilab.org/modeller/tutorial/advanced.html オプション automodelの精度は？ sequence identiy <50%の場合はali…

前提 HHblitsとHHsearchにより類似構造の配列は既に入手済み。ここからスタートする まずModellerのチュートリアルを実施 1. Searching for structures related to the query ここは前述のHHsearchによりテンプレート構造が既知なので省略。 2. Selecting a …

以前UniprotからFastaを取ってくる方法の記事を書いた。UniprotではURLを適宜いじることでFastaを直接ダウンロードできたが, NCBIで同様の方法は使えない（ようだ）。 具体的にはBiopythonのEntrezを使う。詳細は以下参照。 https://www.biostars.org/p/1771…

やりたいこと Uniprotから任意のアミノ酸配列をFASTA形式でPythonなどのプログラミング言語を使うことにより自動取得したい。 参考 以下のサイトでまずUniprotとは何かを理解した。アミノ酸配列とその機能情報を掲載しているらしい。 magattaca.hatenablog.c…

目的 仕事でホモロジーモデリングをする必要が出てきた。それにはhhsuiteなるものが必要らしい。よくわからないので入力／出力および特性を理解する。アルゴの詳細には深入りしない。 同じようなソフトウェアは他にも有るはずなので, それらのソフトウェアと…

Ubuntuくんが激重なのでLinux mint (Cinnamon)に乗り換えたのメモ。完全自分用 とりあえず結論 めっちゃ快適なのでさっさとやればよかった とりあえずアップデート インストール後表示されるFirst Stepsに従ってドライバをインストールしたりアップデートし…

タンパク質のアラインメント計算ソフトウェアのLGAでコンパイルはできるのだが, Segmentation faultで実行できない問題の対応法。 LGA - Protein Structure Comparison Facility ［解決策］ulimit -s unlimitedする どうもコアダンプの容量が制限されている…

気付き次第, 順次追加予定。。。 DSSコマンド 水素結合および主鎖の構造を用いて二次構造情報を自動的に追加する。これにより二次構造情報に基づいた色分けなどが可能になる。 https://pymolwiki.org/index.php/Dss デフォルトの設定を変更する（背景など） …

目的 分子シミュレーションでよく使われるPossion-Boltzmann方程式を導出する。間違ってたら教えて下さい。 出発 まずPossion equationから出発する :点rにおける誘電率; :点rにおける静電ポテンシャル; :点rにおける電荷密度 この式はある点における電荷分…